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電子顯微鏡潔凈實驗室簡稱電鏡實驗室，主要是一些高水平科研成果、電子顯微學新方法和新技術的研究中心。鑒于電鏡實驗室對生物醫學、材料工程等行業的重要性，其結構與一般的生物實驗室、工業實驗室區別較大，國內并不常見。下面凈化就合肥凈化工程為例，詳細詳解實驗室各個功能分區與布局設計。
電鏡實驗室規劃布局（功能完善）： (1)電鏡室 作為電鏡實驗室的核心部分，電鏡室的使用面積由購買的電鏡型號、附件、室內陳設和經常活動的人數決定。多為30層，層高3.0-3.5m。電子顯微鏡的穩壓電源和冷卻水箱都存在干擾磁場、噪聲和散熱等缺點。它們不應放置在電鏡室中。最好將它們安置在隔音和散熱較好的另一個小房間內，或走廊內。 電鏡室要求半暗的工作環境，最好不要留窗。室內可安裝1~2盞紅色壁燈（不要直接對著觀察窗）。可設置日光燈或白熾燈吊燈進行檢修和正常照明。 （2）樣板間 制樣室是電鏡工作的生命線，使用面積約35米，層高3.0米。房間里應該有一個大的雙人試驗臺，還有水龍頭、水盆和地漏。還必須安裝毒氣柜，外壁要有排氣孔和軸流風機（必要時可加快排出污染空氣）。還應安裝冰箱、烘箱、藥柜、超聲波清洗機、超凈工作臺等。制樣間宜大，便于自然采光，天花板上應安裝足夠的熒光燈，便于夜間工作。 (3)離心室 對于生物樣品的純化，應配備一臺低速離心機、一臺高速離心機和一臺超速離心機，用于電鏡工作。室內還應有單面試驗臺、冰箱、水龍頭盆等。使用面積約20米，層高2.5米。只有地面需要額外的水平和堅固。有的離心機排氣量大時，應設排氣管引向室外。所有水冷離心機都應配備雙回路給排水系統。 (4)切片室 超薄切片技術含量高，環境條件的微小變化通常會影響切片機的性能。通常只需要一個人操作，場地要小而緊湊，高度最好在12米左右，層高不超過2.5米。房間的一側可以放置一臺配備超穩工作臺的超薄切片機，另一側的水泥防振臺上可以放置錐形修邊機和切刀機。 (5)涂裝間 真空鍍膜機和離子束儀是電鏡工作必不可少的。使用面積15米，層高2.5米。室內應設置單面試驗臺，并設置12個雙出水龍頭面盆和地漏，供鍍膜機、蝕刻儀器等冷卻用的給排水。鑒于大多數涂布機沒有斷水保護裝置，最好設置斷水停機自動保護。 (6)暗房 暗室的面積應在15mm左右。應設斗門或旋轉門遮陽，并應有單獨的通風孔，但需遮陽。室內安裝適合立式工作的單面試驗臺。長凳的一側有2至3個水池，天花板上裝有紅、綠、白三色燈。門外可設紅色指示燈，可與放大機上光機、電爐連接。啟用時紅燈亮，斷電時紅燈滅，確保安全。墻壁涂有深綠色啞光漆。 另外，電鏡實驗室的防磁是裝修施工中很重要的一項內容。在規劃設計中，我們總結了以下三點關于防磁的內容。請注意：1、電鏡室應遠離無線電臺、大型電器設備、大型變壓器和高壓輸電電纜等強磁干擾，以及核磁共振、質譜、高壓等強磁儀器。能量粒子加速器。 2、電鏡室電源、照明線應避免形成閉環，避免走長彎路或單線走線，并使去、回線導線靠近。導桿嚴禁通過電鏡室地下或頂部。 3、在屏蔽措施上，目前有的單位在實驗室中采用鐵網或薄鐵皮作為屏蔽材料。理論上，選擇磁導率高、磁滯特性不明顯、矯頑力和剩磁小的軟磁材料作為屏蔽效果較好。建議使用薄鐵皮和細鐵絲網作為室內墻壁和屋頂的屏蔽。需要說明的是：屏蔽是不得已而為之，如果外界干擾磁場沒有超過允許值，屏蔽是沒有必要的。 目前，電子顯微鏡技術的飛速發展已經惠及許多行業，改變了很多領域的研究方法，使很多研究迅速取得重大突破。
